Heinecke / Eckhardt / Horsch | Supercomputing for Molecular Dynamics Simulations | E-Book | sack.de
E-Book

E-Book, Englisch, 76 Seiten, eBook

Reihe: SpringerBriefs in Computer Science

Heinecke / Eckhardt / Horsch Supercomputing for Molecular Dynamics Simulations

Handling Multi-Trillion Particles in Nanofluidics
2015
ISBN: 978-3-319-17148-7
Verlag: Springer International Publishing
Format: PDF
Kopierschutz: 1 - PDF Watermark

Handling Multi-Trillion Particles in Nanofluidics

E-Book, Englisch, 76 Seiten, eBook

Reihe: SpringerBriefs in Computer Science

ISBN: 978-3-319-17148-7
Verlag: Springer International Publishing
Format: PDF
Kopierschutz: 1 - PDF Watermark



This work presents modern implementations of relevant molecular dynamics algorithms using ls1 mardyn, a simulation program for engineering applications. The text focuses strictly on HPC-related aspects, covering implementation on HPC architectures, taking Intel Xeon and Intel Xeon Phi clusters as representatives of current platforms. The work describes distributed and shared-memory parallelization on these platforms, including load balancing, with a particular focus on the efficient implementation of the compute kernels. The text also discusses the software-architecture of the resulting code.

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Zielgruppe


Research

Weitere Infos & Material


Introduction

Molecular Dynamics Simulation

Parallelization of MD Algorithms and Load Balancing

Efficient Implementation of the Force Calculation in MD Simulations

Experiments

Conclusion



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